На правах главного героя числится сержант Джеймс Хэллер. В один прекрасный день он возвращается из военной «командировки» в родной город Нью-Йорк, узнает о гибели всей своей семьи и нашествии мутантов, которые и виноваты во всем случившемся. Отсюда вытекает вторая сенсация. Главной целью Джеймса станет убийство Алекса Мерсера, главного героя первой Prototype. И для этого наш вояка тоже становится мутантом и получает кучу невиданных сил. Ведь без них ему одолеть «создателя» Алекса не удастся.